• Timothé Toulotte

Déplacements internationaux du virus Sars-cov-2 en temps réel

Mis à jour : avr. 6

Nextstrain est un projet opensource d’agglomération de données autour de la santé, et qui permet de suivre en temps réel l’évolution des agents pathogènes et d’obtenir une cartographie, mise à jour en continu, de la propagation du SARS-COV-2 (entre autres virus). Les données recueillies proviennent de plusieurs groupes de scientifiques dont l'objectif est de partager gratuitement les données génétiques des agents pathogènes. La vérification des sources est délicate pour ne pas dire impossible car celles-ci sont dispersées et techniques.


Le logiciel présente 3 éléments principaux :


  • La phylogénie du virus qui décrit les liens de parenté existant entre chaque organismes vivants, c'est à dire les liens entre chaque souche de virus ayant muté au fur et à mesure de son déplacement. Cet arbre est très fiable.

  • La carte de transmission qui a été reconstituée à partir des dates d’échantillonnages et de la phylogénie. La temporalité de diffusion est beaucoup moins fiable que ses origines car elle dépend d'un certain nombre d'hypothèses

  • La diversité qui illustre la diversité génétique à travers le génome du virus (son degré de "mutabilité"), plutôt pour les spécialistes


La carte a l'énorme avantage de pouvoir être jouée et donc de voir la diffusion au fur et à mesure du temps. L'analyse proposé ici se concentre d'avantage sur les origines de souches plus que sur la temporalité.

On constate alors que la Chine a diffusé sa souche de virus (en violet) vers la France, l'Espagne et l'Angleterre. Nos amis d'outre-manche, par le volume de variétés de virus, a été un véritable hub de diffusion (en vert clair) à travers l'Europe, l'Australie et les Etats-Unis, et confirme son rôle central dans les échanges entre pays anglo-saxons. Le pays a été impacté après la France, l'Italie et l'Espagne, ce qui laisse penser que l’émergence de clusters est déterminante dans la propagation de la maladie, indépendamment de l'arrivée du patient zéro.

On constate également que les Etats-Unis ont importé en Europe des agents pathogènes qui différaient déjà de la souche d'origine (en rouge sur la carte). C'est d'autant plus ironique que la décision de Donald Trump de fermer de manière unilatérale le trafic aérien avec l'Europe partait du principe de ne pas contaminer le territoire américain. Sa décision a donc été particulièrement bénéfique pour l'Europe !


L'Australie est le véritable trait d'union entre tous les continents avec une importation de souches de la France (vert foncé), de l'Angleterre (en vert clair), de la Chine (en violet), des Etats-Unis (en rouge) et l'exportation réciproque vers tous ces pays la (en bleu).


L'Iran est relativement épargné par le volume de diversité des souches malgré un impact très fort sur sa population. Plusieurs hypothèses sont possibles, la première est l'absence de données génétiques, la deuxième est l'activation de clusters par des "superporteurs du virus" étrangers. L'histoire nous donnera plus d'informations, on note toutefois qu'on y retrouve les souches de tous les continents.


Il est également intéressant de voir la réimportation du virus des Etats-Unis (en rouge) vers le Japon, la Chine et la Corée du Sud, laissant craindre une 2ème vague dans les pays d'origine. Il va de soi qu'à terme, le virus s'échangera entre pays indépendamment du pays d'origine, au même titre que le métissage chez les êtres humains.


Source : https://nextstrain.org/ncov

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